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Das EBPI hat drei Departemente, die von Prof. Milo Puhan (Epidemiologie), Prof. Leonhard Held (Biostatistik) und Prof. Jan Fehr (Public & Global Health) geleitet werden. Jedes Departement ist in zwei oder drei Abteilungen unterteilt (siehe Organigramm). Der Direktor und die Departementsleiter bilden die Institutsleitung und treffen Entscheidungen hinsichtlich des täglichen Betriebs im Institut. Strategische Entscheidungen werden durch die Institutsleitung vorbereitet und der Institutsversammlung sowie am jährlichen Retreat zur Diskussion und Bewilligung vorgelegt. Derzeit gehören dem wissenschaftlichen Beratungsausschuss drei Mitglieder an: Prof. Alfredo Morabia, Prof. Peter Diggle und Prof. Marcel Tanner. Sie beraten das EBPI hinsichtlich der strategischen Ausrichtung des Instituts.