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Im Jahr 1963 gründete die Universität Zürich (UZH) den ersten Lehrstuhl und das erste Institut für Public Health (später den Lehrstuhl für Sozial- und Präventivmedizin). Professor Meinrad Schär († 2007), der frühere Vizedirektor des Eidgenössischen Gesundheitsamts, erhielt den Ruf als ordentlicher Professor auf den neugeschaffenen Lehrstuhl und wurde Direktor des Instituts. 1988 wurde er emeritiert.
Sein Nachfolger wurde Prof. Felix Gutzwiller. Er leitete das Institut bis 2013. Durch die Fachbereiche Reise- und Tropenmedizin der UZH sowie Prävention und Gesundheitsförderung war er massgeblich an der engen Bindung zwischen dem Institut und der Bevölkerung des Kantons Zürich verantwortlich.
2013 erhielt Prof. Milo Puhan den Ruf als ordentlicher Professor auf den Lehrstuhl für Epidemiologie und Public Health und wurde Direktor des Instituts.